Arhitectura monumentului sacru de la Humor prezinta un interes aparte. Aici apare, pentru prima data in constructia bisericilor din Moldova, pridvorul deschis si o incapere noua la etaj numita tainita, care se suprapune camerei mormintelor. Din pridvor, se patrunde in pronaos, iar, mai departe, in camera mormintelor si naos. Spre rasarit, biserica se termina prin absida de forma circulara a altarului, despartit de naos printr-o foarte veche catapeteasma, exceptionala sculptura in lemn.

Biserica manastirii Humor se numara, alaturi de bisericile Voronet, Moldovita, Arbore si Sucevita, printre cele cinci ctitorii impodobite peste tot, in interior si exterior, cu fresce bizantine, prin care se disting de toate celelalte biserici de acest fel din lumea ortodoxa.

    Fresca exterioara de la Humor, pictata de Toma Zugravul in 1535, deschide sirul celorlalte biserici cu pictura exterioara. Acest fapt reprezinta o prioritate care randuieste momentul intre marile realizari ale artei plastice bisericesti, deschizatoare de scoala si epoca in domeniu.Patrunzand in interiorul Bisericii, privitorul este intampinat in pronaos, de scena din Sinaxarul (calendarul) bisericesc, de icoanele Adormirii Maicii Domnului si a Sfintei Fecioare rugatoare, de sfinti ingeri si profeti. In camera mormintelor, bolta este acoperita cu scene din viata Sfintei Fecioare Maria. In naos sunt pictate chipuri de sfinti, ciclul Patimilor si Invierea, iar, pe bolta, Hristos - Pantocrator. Tot in naos sunt tablourile ctitorilor. In altar, pe bolta absidei este reprezentata, traditional, Maica Domnului cu Pruncul, chipuri de sfinti ierarhi, Cina cea de taina.

   Ceea ce impresioneaza si atrage in mod deosebit admiratia, la biserica Humor, sunt frescele sale exterioare. Principalele teme iconografice exterioare sunt: Acatistul Bunei Vestiri (fatada sudica), Arborele lui Iesei (fatada nordica), Judecata din urma (fatada vestica) si Cinul care cuprinde o procesiune a sfintilor ingeri, profeti, apostoli, ierarhi, martiri si cuviosi (absidele laterale si cea a altarului). Pe peretele exterior sudic este de semnalat, in partea inferioara, scena Asediului Constantinopolului, reflex al evenimentelor grave care au dus la ocuparea Capitalei Imperiului Bizantin de catre turci la 1453.

    Intreaga alcatuire a momentului sacru de la Humor, dar, indeosebi, pictura acestuia este subordonata ideii teologice de mantuire a omului care, aflat sub coplesitoarea impresie pricinuita de contemplarea frescelor care infatiseaza scene din istoria manturirii, se simte atras irezistibil catre realizarea idealului neasemuit desavarsirii crestine, care prilejuieste intalnirea si conlucrarea dintre divin si uman, spre dobandirea mantuirii persoanei umane.Arhitectura Mănăstirii Humor prezintă un interes cu totul deosebit. Aici apar pentru prima dată în construcţia bisericilor din Moldova pridvorul deschis şi o încăpere la etaj, numită tainiţă, ce se suprapune camerei mormintelor. În zilele de răstrişte aici se păstrau obiectele de preţ. Din pridvor se pătrunde în pronaos, iar mai departe în camera mormintelor şi în naos. Spre răsărit biserica se termină prin absida de formă circulară a altarului, despărţit de naos printr-o catapeteasmă foarte veche, o excepţională sculptură în lemn. Edificiul are plan treflat, fără turlă pe naos ca şi în cazul altor ctitorii boiereşti. Elementul particular este pridvorul deschis cu arcade, inovaţie în epocă determinată atât de tradiţia constructivă locală (prispe, foişoare) cât şi de influenţele renascentiste din exterior (loggia preluată mai târziu şi de “stilul brâncovenesc”). Faţadele prezintă cunoscutul joc de arcaturi şi ocniţe, ancadramentele de piatră sunt dreptunghiulare la ferestrele gotice bipartite. Turnul de apărare a fost înălţat de Vasile Lupu (1641).