Sfantul lacas a fost construit in 1724, ca biserica de manastire, in timpul celei de-a doua domnii a lui Nicolae Mavrocordat, de catre arhimandritul Ioanichie. In 1726, staretul Ioanichie a fost ales mitropolit al Stavropolei si exarh al tinutului Caria. Tot de atunci, manastirea pe care a construit-o a fost numita Stavropoleos, dupa numele vechii mitropolii. Din constructia initiala a incintei manastirii si hanului s-a pastrat numai biserica, una dintre cele mai reprezentative ctitorii in stil brancovenesc. Amanunte despre hramul acestei biserici ne-a oferit parintele ieromonah Iustin Marchis, slujitor la aceasta biserica: 'Acum, in Bucuresti, sunt cinci manastiri si intre ele, in curand, cu binecuvantarea PF Parinte Patriarh, va fi una in plus, Stavropoleos. Dintotdeauna a fost manastire, de cand s-a zidit biserica ei la 1724, fiind deja inaintea bisericii, aici, un han, cum erau destule in centrul istoric al Capitalei. Biserica Stavropoleos este inchinata Sf. Arhangheli si, in mod special, Arhanghelul Mihail pentru ca nicaieri intr-o alta biserica din Romania nu exista asa scene, atat de numeroase, cu minunile Arhanghelului Mihail si biserica noastra are toate lucrurile post-brancovenesti. Se pastreaza arhitectura, impodobirea in piatra, decoratia bogata, cu un pridvor cum nu mai exista altul in epoca, dar si decoratia exterioara care seamana mult cu cele orientale'.

Biserica Stavropoleos este renumita si prin impresionanta colectie de obiecte de arta, din care fac parte icoane, obiecte de cult, piese de arta decorativa si fragmente de fresca recuperate de la bisericile demolate in timpul regimului comunist: 'De-a lungul anilor, prin donatii, prin achizitii, cu putine lucruri pe care le-am gasit aici in urma cu 15 ani, s-a facut o colectie de obiecte bisericesti, unele chiar din secolul al XVII-lea, iar majoritatea din secolul al XVIII-lea, si lumea este impresionata de icoane, fresce de la Vacaresti sau de la Biserica Ienei, prima demolata dupa cutremurul din 1977, sa vada o caramida de la Sfanta Vineri, fresce de la Biserica Mihai Voda. Se bucura apoi lumea sa vada unitatea artei vechi romanesti pana la Andreescu, de la care avem un tablou, o dovada in plus ca vechea noastra arta romaneasca, nu numai bisericeasca, era intr-o continuitate si intr-o legatura intre arta laica si cea care tine de biserica, arta bisericeasca. Intre lucrurile de acolo e si tronul Mavrocordat, pentru ca in vremea lui s-a zidit biserica'.  

Si biblioteca amenajata in incinta Bisericii Stavropoleos contine un important fond de carte veche, manuscrise si tiparituri in limbile romana, greaca si slavona. Sunt peste 40 de manuscrise si 200 de tiparituri, carti de cult sau manuscrise muzicale unele din secolul al XVII-lea sau al XVIII-lea folosite si astazi in studii comparative pentru indreptarea editiilor utilizate in practica liturgica: 'Asezamantul nostru are si o biblioteca, in primul rand cu foarte numeroase manuscrise, cred ca putine asezaminte bisericesti au atatea manuscrise muzicale cum sunt la Stavropoleos. Avem multa carte veche, donatia reputatului istoric Vasile Dragut, avem carti de arta, avem carti de istorie si carti de teologie, dar am facut si un ajutor pentru cei tineri cu muzica rasariteana si muzica gregoriana, occidentala, imagini, iconografie rasariteana si occidentala, pentru ca acest loc este pentru tineri si pentru oricine doreste sa vina, atat romani cat si straini, sa vada, sa aiba contact direct si prin cartile pe care le pot citi si prin ceea ce vad'.

Viata de obste a celor ce traiesc la Biserica Stavropoleos se imparte intre rugaciune, lucru si studiu. La acest lacas se restaureaza carti vechi, vesminte si icoane, se brodeaza, se traduc carti si se lucreaza pe computer pentru editarea muzicii vechi si informatizarea bibliotecii: 'E viata bisericeasca cu toate aspectele ei prezente, conservam cu grija trecutul, il aratam celor de astazi, si noi nu ne oprim aici, pentru ca cineva dintre surori picteaza icoane pe sticla si pe lemn, aureaza, o alta dintre surori se ocupa de cartea veche, o conserva si o restaureaza, inclusiv legaturi facute cu grija, o alta dintre surori se ocupa de broderii, de vesmintele bisericesti. Prin urmare, cred ca lucrurile acestea sunt impreuna si ca dau o imagine completa a ceea ce era si la 1724 Manastirea Stavropoleos, si este si in prezent, cum sunt si celelalte biserici importante din Bucuresti. Viata duhovniceasca in Bucuresti e intensa si in parohii, si in putinele manastiri care exista'.

Parintele Iustin Marchis a tinut sa mentioneze ca in prezent se fac demersuri pentru ca Biserica Stravropoleos sa revina la statutul de manastire. Acest fapt se va implini, foarte probabil, in cursul anului viitor: 'Nadajduim ca in anul care vine va fi restaurarea incheiata, dupa atatia ani, iar comunitatea va putea sa se ocupe mai mult decat acum de slujbe si, ca atare, avand deja binecuvantarea PF Parinte Patriarh Teoctist promisiunea orala, eu cred ca anul viitor, Stavropoleos va reveni la statutul de manastire pe care l-a avut dintru inceput'.